廃水・工程用水の検査

NGS手法の概要

NGSの方法や試薬は常に進歩を続けており、現在、研究者が利用可能なNGSシステムは多数存在します。通常用いられているプラットフォームでは、サンプルまたはライブラリー調製、クラスター作成、シーケンシング、およびデータ解析など、NGSワークフローに不可欠ないくつかのステップの使用が組み込まれています。サンプル調製では一般に、DNA増幅、または配列リンカーやアダプターの付加を行います。各DNA配列のクラスター作成は、共有結合リンカーを含むDNAがブリッジPCR増幅物の固体表面にハイブリダイズする方法、またはエマルジョンPCRなどの代替的手法により行われます。また、ライゲーションによるシーケンシング、シーケンシング・バイ・シンセシス、パイロシーケンシング、イオン半導体シーケンシングなど、他にも多くのDNAシーケンシング法があります。それぞれのシーケンシング法には、各配列の長さ（リード長）、エラー率、試薬コストを最終的に決定する、さまざまな反応ステップやケミストリーがあります。

NGSデータ解析の分析アプローチ

すべてのNGSワークフローの最終要素は、シーケンシングの後に発生する重要なデータ解析ステップです。NGSプラットフォームやワークフローは途方もない量のデジタル情報を生み出し、それらはコンピュータで処理されますが、生データセットは、バイオインフォマティクスの専門家が、リードアライメントやマッピングに必要なBowtieやGalaxyなどの分析ツールを用いて分析しなければなりません。これらの分析ツールは増え続ける一方です。NGS技術の分野における発展の多くは、多数の科学的分野が合同で、そのような大規模データセットの解析・統合法を開発し最適化することによって実現しました。現在では、これらのパワフルなツールを用いて、具体的なアプリケーションのニーズに応じて全ゲノム、エクソーム、トランスクリプトームの配列決定を行い、基礎研究や疾患研究を行えるようになっています。