NGS könyvtár előkészítés
A könyvtár előkészítése az újgenerációs szekvenálás első lépése. Mielőtt a DNS- vagy RNS-mintákat szekvenálni lehetne, a nukleinsavakat izolálni kell, fragmentálni, a végeket javítani, és ligálás vagy tagmentálás módszerekkel kovalensen adapterekhez kötni. A jól előkészített NGS könyvtár összetettségének teljes mértékben és pontosan tükröznie kell a minta összetettségét, de tükröznie kell a könyvtárkészítés során bevezetett torzításokat is. A DNS vagy RNS könyvtár elkészítésének egyik fő célja az újgenerációs szekvenálás számára;a komplexitás maximalizálása a PCR vagy más amplifikáció által bevezetett torzítások csökkentése mellett, mivel a kapott könyvtár minősége nagymértékben befolyásolhatja az NGS-eredményeket.
NGS könyvtárkészítő eszközök portfólióját kínáljuk, amelyeket úgy terveztünk, hogy egyszerűsítsék a munkafolyamatokat és megkönnyítsék a minta komplexitását pontosan reprezentáló, ugyanakkor a torzításokat csökkentő, kiváló minőségű DNS- vagy RNS-könyvtárak elkészítését a teljes genom szekvenálás (WGS), a teljes transzkriptom-elemzés (WTA), a teljes RNS-szekvenálás, valamint a miRNS- és kis RNS-szekvenálási alkalmazásokhoz.
Bővebben
Genomikus DNS extrakciós készletek
Genomic DNS extrakciós készletek
Whole Genome Amplification Kits
Whole Transcriptome Amplification Kits
Kis RNS könyvtár előkészítés
Könyvtár tisztítás
Products
Genomic DNA Extraction Kits
A DNS könyvtár előkészítéséhez, nagy molekulasúlyú genomi DNS (gDNS) kell kivonni sejtekből, szövetekből vagy más típusú mintákból. A tisztított genomi dns-nek minimális nyírást és biológiai és kémiai szennyeződéseket kell tartalmaznia az optimális teljesítményhez a későbbi amplifikációs vagy szekvenálási reakciókban.
A Fire Monkey™/Fire Flower™ nagy molekulasúlyú DNS extrakciós készlet lehetővé teszi a nagy tisztaságú genomi DNS izolálását minimális nyírással és alacsony molekulasúlyú nukleinsav szennyeződésekkel.
- A Fire Monkey™ egy standard spin-oszlopos eljárás, amely 1 óra alatt nagy molekulasúlyú, átlagosan >100kb hosszúságú szálakkal rendelkező DNS-t von ki akár bakteriális vagy emlős sejtekből.
- A Fire Flower™ egy standard spin-oszlopos eljárás, amely 15 percen belül képes méret szerint szelektálni a kivont DNS-t bármely mintaforrásból. A Fire Flower™ képes 30%-kal növelni a teljes átlagos szálhosszúságot, miközben akár 30 kb méretű DNS-fragmentumokat is kimerít.
Whole Genome Amplification Kits
A DNS-szekvenciaelemzést gyakran korlátozza a rendelkezésre álló kis mennyiségű minta vagy az alacsony extrakciós hozam. Ha korlátozott mennyiségű kiindulási anyag érhető el, az amplifikációs technikák felhasználhatók a kiindulási DNS mennyiségének növelésére. A teljes genom amplifikáció (WGA) használható mind az ép, mind az erősen fragmentált DNS-minták előzetes amplifikálására az NGS munkafolyamatokba való bevitelhez.
A SeqPlex-I WGA kit lehetővé teszi kis mennyiségű DNS vagy lebomlott vagy erősen fragmentált DNS amplifikálását az Illumina® következő generációs szekvenáló (NGS) áramlási cellákba történő közvetlen bevitelhez.
- Megkönnyíti a szekvenálást már 100 pg DNS-ből
- Továbbfejlesztett primerek a teljes genomlefedettség, a minimális szekvencia torzítás és az újgenerációs szekvenáláshoz (NGS) ideális amplikonméret érdekében
- Költséghatékony: Nincs további NGS könyvtár-előkészítési lépés
- Kompatibilis az Illumina® következő generációs szekvenálással
A SeqPlex Enhanced DNA Amplification Kit a teljes genom amplifikációjához a következő generációs szekvenálás megkönnyítésére készült rendkívül kis mennyiségekből vagy lebomlott/erősen fragmentált DNS-ből. Ezt a kitet az Illumina®, SOLiD™ vagy 454 szekvenálási munkafolyamatokba való integrálásra fejlesztették ki.
- A véletlenszerű priming technológia felerősíti a töredezett DNS-t, mint például ChIP vagy FFPE
- Elősíti a szekvenálást már 100 pg -ból is.nbsp;ChIP DNS
- Elfejlesztett primerek a teljes genomlefedettség, a minimális szekvencia torzítás, és a primer eltávolítás érdekében
- Kompatibilis az Illumina®, SOLiD™, vagy 454 könyvtár előkészítéssel az újgenerációs szekvenáláshoz
Whole-Transcriptome-Amplification-Kits
A fő szekvenáló készletek
A fő szekvenáló készleteknbsp;cél egy NGS könyvtár előkészítése az RNS-Seq számára a transzkriptom könyvtár komplexitásának maximalizálása a kiindulási szekvenciaállomány teljes körű reprezentálása a torzítás csökkentése mellett. Az RNS-Seq nagy áteresztőképességű génexpressziós profilok és transzkriptóma-elemzések számára általában kihívást jelent a kiindulási RNS alacsony mennyisége. A teljes transzkriptom-amplifikáció (WTA) alkalmas arra, hogy kis mennyiségű RNS-ből elegendő mennyiségű szekvenálási célpontot hozzon létre de nagy hűségű transzkriptum-replikációra van szükség a specifikus mRNS-ek elvesztése vagy torzítása nélkül a könyvtári torzítás csökkentése érdekében.
A SeqPlex-I WTA kit lehetővé teszi kis mennyiségű reverz transzkriptált RNS vagy lebomlott RNS amplifikálását az Illumina® következő generációs szekvenálási (NGS) áramlási cellákba történő közvetlen bevitelhez.
- A fragmentált vagy rendkívül kis mennyiségű teljes RNS-t amplifikál. A fragmentált vagy intakt RNS minden forrásból, beleértve az FFPE-t és a RIP-et is, könnyen amplifikálható a random priming technológia segítségével.
- A félig degenerált könyvtár primertervezése biztosítja a teljesebb transzkriptom-lefedettséget és a hatékony primerelést
- Mindössze néhány lépés: Nincs szükség a cDNS fragmentálására a szekvenálás előtt
- Nagy hatékonyság: 8 óra vagy kevesebb idő alatt erősíti meg a ds-cDNS-t
- Költséghatékony: Nem igényel többé további NGS könyvtár előkészítő lépést
- Kompatibilis az Illumina® következő generációs szekvenálással
A SeqPlex RNA Amplification Kit a teljes transzkriptom amplifikációhoz (WTA) arra szolgál, hogy megkönnyítse az újgenerációs szekvenálást (NGS) kis mennyiségekből vagy degradált/erősen fragmentált RNS-ből (pl.pl. RNS formalin-fixált, paraffinba ágyazott (FFPE) szövetmintákból). A SeqPlex kit lehetővé teszi a felhasználó számára, hogy az NGS munkafolyamatba való bevitelhez előamplifikálja az RNS-mintákat.
- A véletlenszerű priming technológia kis mennyiségű fragmentált vagy intakt RNS-t amplifikál minden forrásból, beleértve az FFPE-t és a RIP-et is.
- Semi-degenerált könyvtári primertervezés a teljesebb transzkriptom-lefedettség és a hatékony primerelés érdekében.
- Nincs szükség a DNS fragmentálására a szekvenálás előtt.
- A ds-cDNS-t 8 óra vagy kevesebb idő alatt amplifikálja.
- Kompatibilis a Pacific Bioscience kivételével minden újgenerációs szekvenálási platformmal.
Small-RNA-Library-Preparation
Az NGS technológiák forradalmasították a kis RNS-ek, köztük a miRNS, siRNS és piRNS vizsgálatát, amelyekről kimutatták, hogy létfontosságú szerepet játszanak a génexpresszió poszt-transzlációs szabályozásában. A kis RNS-szekvenálás egyre népszerűbb megközelítés a kis RNS-ek felfedezésében és profilalkotásában. A kis RNS könyvtárkészítési módszerek azonban jelentős torzítást vezethetnek be, különösen az adapter-ligációs lépések során.
A RealSeq®-AC RNS könyvtárkészítő készlet új módszert kínál a miRNS- és kis-RNS-szekvenáló könyvtárak készítéséhez, amely csökkenti a beépítési torzítást az NGS-ben. Egy újszerű egyetlen adapter és cirkularizáció használatával, a RealSeq® nagymértékben csökkenti a könyvtárkészítési torzítást. Ez a technológia megoldja az általánosan használt szekvenáló könyvtárkészítmények problémáját, amelyek sok miRNS alulérzékeléséhez vezetnek.
- Jelentősen csökkenti a szekvenálási torzítást a kis-RNS szekvenálásban
- Az biológiailag releváns kis mRNS-ek pontos számszerűsítése.nbsp;RNS-eket
- Elősíti az új kis RNS-ek hatékonyabb felfedezését
Könyvtár tisztítás
A NGS könyvtár tisztítása magában foglalja a szekvenálási adaptorok, PCR primerek, dNTP-k, enzimek és RNS-ek eltávolítását.nbsp;puffer szennyeződéseket miközben lehetővé teszi a megfelelő méret tartományban lévő nukleinsavak kiválasztását a downstream szekvenáláshoz. A könyvtár tisztítási módszereknek maximalizálniuk kell a hozamot és a visszanyerést, minimalizálniuk kell a biológiai és kémiai szennyeződések jelenlétét, és el kell távolítaniuk a nemkívánatos nukleinsavtöredékeket vagy könyvtármolekulákat a szekvenálás előkészítése során.
A HighPrep™ PCR Clean-up System egy paramágneses gyöngyökön alapuló poszt-PCR tisztítási reagens, amelyet a DNS-fragmentumok hatékony tisztítására és az amplikonok méret-specifikus szelekciójára terveztek. A tisztítás a sók, primerek, primer-dimerek, dNTP-k eltávolításából áll, mivel a DNS-fragmentumok szelektíven kötődnek a mágneses gyöngyszemekhez. A mágneses gyöngyöket különböző könyvtár-előkészítő vegyszerekhez használják az NGS-hez.
- >100 bp amplikonok magas visszanyerése
- Alkalmazkodik a nagy áteresztőképességű folyadékkezelő rendszerekhez
- Az amplikonok stabil visszanyerése > 100 bp, kiszámítható és következetes méretválasztás
- Nem kell centrifugálni vagy szűrni, ami magasabb és tisztább hozamot eredményez
Kapcsolódó termékforrások
- SeqPlex Enhanced DNA Amplification Kit (SEQXE) Protocol
The SeqPlex DNA Amplification Kit for whole genome amplification (WGA) is designed to facilitate next-generation sequencing (NGS) from extremely small quantities or from degraded/highly fragmented DNA
- Egyedi Next-Gen szekvenálási oligók
Az újgenerációs szekvenálási (NGS) platformtól függetlenül univerzális és index adapterszekvenciákra van szükség a mintadarabok megfelelő összeállításához.
- Complete Whole Transcriptome Amplification Kit Protocol (WTA2)
WTA2, a Whole Transcriptome Amplification (WTA) method, allows for representative amplification of nanogram quantities of total RNA in less than 4 hours without 3-bias
- SEQR - SeqPlex RNA Amplification Kit Protocol
The SeqPlex RNA Amplification kit provides a method for amplification of total RNA or isolated mRNA prior to entry into the workflows of the commonly used deep sequencing platforms.
- Whole Transcriptome Amplification of RNA from Low Cell-Number Samples
The efficacy of amplification of small quantities of total RNA with the Complete Whole Transcriptome Amplification Kit (WTA2) was examined in this study.
- Whole Genome Amplification for Single Cell Biology
Whole genome amplification (WGA) offers a means to overcome the above restrictions for single-cell genomic analyses. WGA has been described as a non-specific amplification technique that affords an amplified product completely representative of the initial starting material.
- Brochure: Genomics Workflow
- Brochure: Custom Oligos for Commercial Use
Az olvasás folytatásához jelentkezzen be vagy hozzon létre egy felhasználói fiókot.
Még nem rendelkezik fiókkal?