Příprava knihovny NGS
Příprava knihovny je prvním krokem sekvenování nové generace. Před sekvenováním vzorků DNA nebo RNA musí být nukleové kyseliny izolovány, fragmentovány, opraveny na konci a kovalentně spojeny s adaptéry pomocí ligování nebo tagmentace metod. Složitost dobře připravené knihovny NGS by měla plně a přesně odrážet složitost vzorku, ale bude také odrážet veškeré zkreslení vnesené během přípravy knihovny. Klíčovým cílem při přípravě knihovny DNA nebo RNA pro sekvenování nové generace je maximalizovat komplexnost a zároveň snížit chyby vzniklé při PCR nebo jiných amplifikacích, protože kvalita výsledné knihovny může silně ovlivnit výsledky NGS.
Nabízíme portfolio nástrojů pro přípravu knihoven NGS navržených tak, aby zjednodušovaly pracovní postupy a usnadňovaly přípravu vysoce kvalitních knihoven DNA nebo RNA, které přesně reprezentují složitost vzorku a zároveň snižují zkreslení pro sekvenování celého genomu (WGS), analýzu celého transkriptomu (WTA), sekvenování celkové RNA a sekvenování miRNA a malých RNA.
Přečtěte si více informací o
Soupravy pro extrakci genomové DNA
Sady pro amplifikaci celého genomu
Sady pro amplifikaci celého transkriptomu
Příprava knihovny malých RNA
Čištění knihovny
Products
Sady pro extrakci genomické DNA
Pro přípravu knihovny DNA, je třeba extrahovat vysokomolekulární genomovou DNA (gDNA) z buněk, tkání nebo jiných typů vzorků. Purifikovaná genomová DNA by měla mít minimální podíl střihu a biologických a chemických kontaminantů, aby se dosáhlo optimálního výkonu v následných amplifikačních nebo sekvenačních reakcích.
Souprava pro extrakci vysokomolekulární DNA Fire Monkey™/Fire Flower™ umožňuje izolovat genomovou DNA vysoké čistoty s minimálním střihem a nízkomolekulárními kontaminanty nukleových kyselin.
- Fire Monkey™ je standardní proces na spinové koloně, který extrahuje vysokomolekulární DNA o průměrné délce vlákna >100 kb z bakteriálních nebo savčích buněk za 1 hodinu.
- Fire Flower™ je standardní proces na spinové koloně, který dokáže vybrat velikost extrahované DNA z jakéhokoli zdroje vzorku během 15 minut. Fire Flower™ dokáže zvýšit celkovou průměrnou délku vlákna o 30 % a zároveň vyčerpat fragmenty DNA až do 30 kb.
Sady pro amplifikaci celého genomu
Analýza sekvence DNA je často omezena malým množstvím dostupného vzorku nebo nízkou výtěžností extrakce. Pokud je dostupný omezený výchozí materiál, lze použít amplifikační techniky ke zvýšení množství výchozí DNA. Amplifikaci celého genomu (WGA) lze použít k předamplifikaci intaktních i vysoce fragmentovaných vzorků DNA pro vstup do pracovních postupů NGS.
Sada SeqPlex-I WGA umožňuje amplifikaci malých množství DNA nebo degradované či vysoce fragmentované DNA pro přímý vstup do průtokových buněk pro sekvenování nové generace (NGS) společnosti Illumina®.
- Usnadňuje sekvenování již od 100 pg DNA
- Vylepšené primery pro úplné pokrytí genomu, minimální sekvenční zkreslení a velikost amplikonu ideální pro sekvenování nové generace (NGS)
- Nákladově efektivní: Žádný další krok přípravy knihovny NGS
- Kompatibilní se sekvenováním nové generace Illumina®
Přípravek SeqPlex Enhanced DNA Amplification Kit pro amplifikaci celého genomu je navržen tak, aby usnadnil sekvenování příští generace z extrémně malých množství nebo z degradované/vysoce fragmentované DNA. Tato sada byla vyvinuta pro integraci do pracovních postupů sekvenování Illumina®, SOLiD™ nebo 454.
- Technologie náhodného primingu amplifikuje fragmentovanou DNA, jako je ChIP nebo FFPE
- Usnadňuje sekvenování již od 100 pg .nbsp;ChIP DNA
- Vylepšené primery pro kompletní pokrytí genomu, minimální sekvenční zkreslení, a odstranění primerů
- Kompatibilní s Illumina®, SOLiD™., nebo 454 library prep pro sekvenování nové generace
Whole-Transcriptome-Amplification-Kits
Hlavní souprava pro sekvenování nové generacenbsp;cílem při přípravě knihovny NGS pro RNA-Seq je maximalizovat složitost transkriptomové knihovny tak, aby plně reprezentovala výchozí soubor sekvencí a zároveň snížila zkreslení. RNA-Seq pro vysoce výkonné profilování genové exprese a analýzu transkriptomu je běžně ohrožena malým množstvím výchozí RNA. Amplifikaci celého transkriptomu (WTA) lze použít k vytvoření dostatečného množství sekvenačních cílů z malého množství RNA, ale vyžaduje vysoce věrnou replikaci transkriptu bez ztráty nebo zkreslení specifických mRNA pro snížení zkreslení knihovny.
Souprava SeqPlex-I WTA umožňuje amplifikaci malých množství reverzně transkribované RNA nebo degradované RNA pro přímý vstup do průtokových buněk pro sekvenování nové generace (NGS) Illumina®.
- Amplifikuje fragmentovanou nebo extrémně malá množství celkové RNA. Fragmentovaná nebo intaktní RNA ze všech zdrojů včetně FFPE a RIP se snadno amplifikuje pomocí technologie náhodného primingu.
- Polodegenerovaný návrh primerů knihovny zajišťuje úplnější pokrytí transkriptomu a efektivní priming
- Méně kroků: Před sekvenováním není třeba fragmentovat cDNA
- Vysoká účinnost: Amplifikuje ds-cDNA za 8 hodin nebo méně
- Nákladově efektivní:
- Kompatibilita se sekvenováním nové generace Illumina®
Není již nutný další krok přípravy knihovny NGS
Výhodou je Sada SeqPlex RNA Amplification Kit pro amplifikaci celého transkriptomu (WTA) je určena k usnadnění sekvenování nové generace (NGS) z malých množství nebo z degradované/vysoce fragmentované RNA (např.RNA ze vzorků tkání fixovaných formalínem a zalitých parafínem (FFPE)). Sada SeqPlex umožňuje uživateli předamplifikovat vzorky RNA pro vstup do pracovního postupu NGS.
- Technologie náhodného primingu amplifikuje malá množství fragmentované nebo intaktní RNA ze všech zdrojů včetně FFPE a RIP.
- Semi-degenerovaný návrh primerů knihovny pro úplnější pokrytí transkriptomu a efektivní priming.
- Není třeba fragmentovat DNA před sekvenováním.
- Amplifikuje ds-cDNA za 8 hodin nebo méně.
- Kompatibilní se všemi platformami pro sekvenování nové generace kromě Pacific Bioscience.
Small-RNA-Library-Preparation
Příprava knihovny malých RNA.Technologie NGS způsobily revoluci ve studiu malých RNA, včetně miRNA, siRNA a piRNA které, jak se ukázalo, hrají zásadní roli v posttranslační regulaci genové exprese. Sekvenování malých RNA je stále populárnějším přístupem při objevování a profilování malých RNA. Metody přípravy knihoven malých RNA však mohou vnášet významné zkreslení, konkrétně při ligování adaptérů.
Sada pro přípravu knihoven RNA RealSeq®-AC nabízí novou metodu přípravy knihoven miRNA a malých RNA, která snižuje zkreslení při inkorporaci v NGS. Použitím nového jednoduchého adaptéru a cirkulace, RealSeq® výrazně snižuje zkreslení při přípravě knihovny. Tato technologie řeší problém běžně používaných přípravků sekvenačních knihoven, které vedou k nedostatečné detekci mnoha miRNA.
- Výrazně snižuje zkreslení sekvenování při sekvenování malých RNA
- Přesně kvantifikuje biologicky relevantní malé RNA.nbsp;RNA
- Umožňuje efektivnější objevování nových malých RNA
.Čištění knihovny
Čištění knihovny NGS zahrnuje odstranění sekvenačních adaptérů, primerů PCR, dNTP, enzymů a dalších látek.nbsp;pufru kontaminantů a zároveň umožňuje výběr nukleových kyselin, které mají správnou velikost pro následné sekvenování.Metody čištění knihoven by měly maximalizovat výtěžnost a výtěžnost, minimalizovat přítomnost biologických a chemických kontaminantů a odstranit nežádoucí fragmenty nukleových kyselin nebo molekuly knihoven při přípravě na sekvenování.
Systém HighPrep™ PCR Clean-up je činidlo pro post-PCR čištění na bázi paramagnetických kuliček určené pro účinné čištění fragmentů DNA a pro selekci amplikonů podle velikosti. Purifikace spočívá v odstranění solí, primerů, primer-dimerů a dNTP, protože fragmenty DNA se selektivně vážou na částice magnetických kuliček. Magnetické kuličky se používají pro různé chemie přípravy knihoven pro NGS.
- Vysoká výtěžnost >100 bp amplikonů
- Přizpůsobitelné vysoce výkonným systémům pro manipulaci s kapalinami
- Stabilní výtěžnost ampliconů >100 bp, předvídatelný a konzistentní výběr velikosti
- Žádná centrifugace nebo filtrace vede k vyšším a čistším výtěžkům
Související zdroje produktů
- SeqPlex Enhanced DNA Amplification Kit (SEQXE) Protocol
The SeqPlex DNA Amplification Kit for whole genome amplification (WGA) is designed to facilitate next-generation sequencing (NGS) from extremely small quantities or from degraded/highly fragmented DNA
- Vlastní oligosekvenátory pro sekvenování Next-Gen
Bez ohledu na platformu sekvenování nové generace (NGS) jsou pro správné sestavení fragmentů vzorku nutné univerzální a indexové adaptérové sekvence.
- Complete Whole Transcriptome Amplification Kit Protocol (WTA2)
WTA2, a Whole Transcriptome Amplification (WTA) method, allows for representative amplification of nanogram quantities of total RNA in less than 4 hours without 3-bias
- SEQR - SeqPlex RNA Amplification Kit Protocol
The SeqPlex RNA Amplification kit provides a method for amplification of total RNA or isolated mRNA prior to entry into the workflows of the commonly used deep sequencing platforms.
- Amplifikace celého transkriptomu RNA ze vzorků s nízkým počtem buněk
V této studii byla zkoumána účinnost amplifikace malých množství celkové RNA pomocí sady pro amplifikaci celého transkriptomu (WTA2).
- Whole Genome Amplification for Single Cell Biology
Whole genome amplification (WGA) offers a means to overcome the above restrictions for single-cell genomic analyses. WGA has been described as a non-specific amplification technique that affords an amplified product completely representative of the initial starting material.
- Brochure: Genomics Workflow
- Brochure: Custom Oligos for Commercial Use
Abyste mohli pokračovat ve čtení, přihlaste se nebo vytvořte účet.
Nemáte účet?