Pour la digestion trypsique des peptides, utiliser un rapport trypsine:peptide d'environ 1:100 à 1:20. La trypsine sert généralement à détacher les cellules adhérentes d'une surface de culture. La concentration qui permet de déloger les cellules de leur substrat dépend principalement du type de cellules et de l'âge de la culture. La trypsine a également été utilisée pour remettre des cellules en suspension lors de cultures cellulaires, pour digérer des protéines en recherche protéomique ou pour réaliser diverses digestions sur gel†. Parmi ses autres applications, citons l'analyse de la cristallisation par des techniques à membrane ou une étude visant à établir que le taux de repliement et le rendement des protéines peuvent être limités par la présence de pièges cinétiques.

La trypsine clive les peptides situés du côté C-terminal des résidus lysine et arginine. Cette réaction d'hydrolyse est plus lente lorsqu'un résidu acide se situe d'un côté ou de l'autre du site de clivage, et elle s'interrompt lorsqu'un résidu proline se situe du côté carboxyle du site de clivage. L'activité de la trypsine est optimale à un pH de 7 à 9. La trypsine peut également cliver les liaisons ester et amide de dérivés d'acides aminés de synthèse. On ajoute de l'EDTA aux solutions de trypsine pour servir d'agent chélateur afin de neutraliser les ions calcium et magnésium qui masquent les liaisons peptidiques sur lesquelles la trypsine agit. L'élimination de ces ions augmente l'activité enzymatique.

Les inhibiteurs de protéases à sérine (entre autres, le DFP, la TLCK, l'APMSF, l'AEBSEF et l'aprotinine) inhibent la trypsine.

La trypsine comprend un polypeptide monocaténaire de 223 résidus d'acides aminés obtenu par clivage de l'hexapeptide N-terminal du trypsinogène au niveau de la liaison peptidique Lys-lle. Sa séquence d'acides aminés est stabilisée par 6 ponts disulfure. Il s'agit de la forme native de la trypsine : la bêta-trypsine. La bêta-trypsine peut subir une autolyse, par clivage au niveau des résidus Lys-Ser, produisant l'alpha-trypsine. La trypsine fait partie de la famille des protéases à sérine.

Les solutions préparées dans du chlorure d'hydrogène 1 mM sont stables pendant un an lorsqu'elles sont conservées en aliquotes à -20 °C. De plus, la présence de Ca²⁺ limite l'autolyse de la trypsine et assure sa stabilité en solution. On notera par ailleurs que la trypsine conserve l'essentiel de son activité dans l'urée 2,0 M, le chlorhydrate de guanidine 2,0 M ou le SDS à 0,1 % (p/v).

Une unité de BAEE produit une ΔA₂₅₃ de 0,001 par minute à pH 7,6 et à 25 °C lorsque le BAEE est utilisé comme substrat. 1 unité de BTEE = 320 unités d'ATEE. Volume réactionnel = 3,2 ml (trajet optique de 1 cm).

Ce produit est une poudre lyophilisée soluble dans de la solution saline équilibrée de Hank à raison de 25 mg/ml.