ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）のアプリケーション

逆転写PCR（RT-PCR）

RT-PCR（逆転写PCR）は標準PCR法の変形の1つであり、非常に小さなサンプルから取得した特定のmRNAの増幅過程を含むことを特徴とします。標準的なクローニング法で必要となる退屈なmRNA精製プロセスを省略できるのが利点です。RT-PCRでは、標準PCR試薬に加えて、逆転写酵素とRNAサンプルを使用します。反応混合物を37℃まで加熱することにより、逆転写酵素がRNAサンプルから相補的cDNAのコピーを作成できるようにします。このcDNAがプライマーの1つにアニーリング（対合）することによって、第1鎖が合成されます。それ以後は標準PCRと同じプロセスが繰り返され、最終的にdsDNAが作成されます。RT-PCRはしばしばリアルタイムPCR（qPCR）と組み合わせて使用されることがあり、この手法は細胞や組織内での転写レベルを定量する目的で広く使用されています。

ホットスタートPCR

ホットスタートPCRは、加熱による活性化段階が開始されるまで反応設定中のホットスタートTaqポリメラーゼまたは修飾dNTPの取込みを阻害する技術です。ホットスタートポリメラーゼの活動を阻むために使用できる方法は、化学修飾、抗体媒介、アプタマー媒介法を含めてさまざまな方法が存在します。 

長鎖標的を正確に増幅するエンドポイントPCR

標的の存在検出や反応完了時における相対的存在量の確認を目的としてエンドポイントPCRがしばしば使用されます。標準PCRを使用して作り出される配列の長さは限定（5 kb程度）されますが、プルーフリーディング（校正）活性を示す追加ファクターを組み込むことによって問題を克服できることがあります。LA（Long and Accurate）PCRは、第二の熱安定ポリメラーゼ（末端ヌクレオチド誤取り込み修復のためにエキソヌクレアーゼの位置が3′→5′へ変化）を組み込むことによって、長さが40 kbに達するDNA標的を増幅することが可能であり、正確性もはるかに優れています。